Program Pondok Pesantren yaitu Program dengan pengembangan pondok yang akan memondok di Darul Muslimin Muhammadiyah, kemudian sekolahnya di SMP Muhammadiyah 1 Pare, merupakan inisiatif unggulan yang memadukan aspek pendidikan agama dan formal secara terpadu. Program ini dirancang untuk memberikan pengalaman mendalam bagi para santri, agar mereka tidak hanya memahami ajaran agama Islam, tetapi juga siap menghadapi tantangan dunia modern.
Dengan sistem yang mengedepankan pendidikan karakter, para peserta program akan menghabiskan waktu di Darul Muslimin Muhammadiyah, tempat yang dikenal dengan suasana religius yang mendukung pengembangan spiritual. Di sana, mereka akan mendapatkan bimbingan dari para ustaz yang berkompeten dan berpengalaman.
Setelah itu, para santri akan melanjutkan pendidikan formal mereka di SMP Muhammadiyah 1 Pare, yang telah teruji dalam menghasilkan siswa dengan kemampuan akademis dan sosial yang mumpuni. Perpaduan antara pendidikan agama dan umum ini memberikan peluang bagi generasi muda untuk tumbuh menjadi pribadi yang tidak hanya cerdas, tetapi juga berakhlak mulia. Program ini menjadi salah satu jalan untuk mewujudkan cita-cita besar mencetak kader penerus bangsa yang berilmu dan bertakwa.